El Hospital San Juan de Dios de León facilitará que su homólogo en Burgos asuma internamente el servicio de laboratorio, con su propio personal asistencial para poder dar una mejor atención a sus pacientes, algo que permitirá la creación de sinergias con la colaboración de los profesionales de ambos centros sanitarios.
Hasta el dia de hoy , este servicio de laboratorio , recaia integramente en el Hospital San Juan de Dios de León , que ha formado y preparado al personal de Burgos para que se puedan independizar en estas funciones
Además, se ha establecido un protocolo de seguridad clínica a través de un acuerdo con Megalab, líder nacional en análisis clínicos, por el que se establece un protocolo que determina que ante cualquier causa de fuerza mayor (caída del sistema informático, averías en equipamiento, etc.) que impida realizar el servicio dentro del hospital la actividad pueda ser realizada de manera transitoria en un laboratorio de referencia de MEGALAB de manera inmediata. 
Este acuerdo también garantiza un sistema para que las pruebas de urgencia se hagan en el momento para cualquier necesidad. Por otro lado, se mejora la calidad del servicio, puesto que el equipo de profesionales médicos contarán a partir de ahora con el apoyo de un especialista en análisis clínicos y una microbióloga, para completar su juicio clínico.
Las ventajas de este trabajo conjunto son:
- Una mejor calidad en el control de las determinaciones
- Se unifican los criterios clínicos
- El Hospital San Juan de Dios de Burgos cuenta con el apoyo de dos especialidades más (análisis clínicos y microbiología)
- Optimización de los recursos económicos
- Creación de un nuevo puesto de trabajo en el centro burgalés/ ñun